W jaki sposób można narysować znormalizowany wykres imshow z kolorowym paskiem reprezentującym surowe dane w matplotlib

Question

Używam matplotlib do drukowania obrazów normalizowanych z logowaniem, ale chciałbym, aby pierwotne dane obrazu surowego były reprezentowane na kolorowym pasku odstęp [0-1]. Mam wrażenie, że jest to bardziej matematyczny sposób robienia tego poprzez użycie jakiegoś obiektu normalizacji i nie przekształcanie danych wcześniej ... w każdym razie na surowym obrazie mogą występować wartości ujemne.

import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 

def log_transform(im): 
    '''returns log(image) scaled to the interval [0,1]''' 
    try: 
     (min, max) = (im[im > 0].min(), im.max()) 
     if (max > min) and (max > 0): 
      return (np.log(im.clip(min, max)) - np.log(min))/(np.log(max) - np.log(min)) 
    except: 
     pass 
    return im 

a = np.ones((100,100)) 
for i in range(100): a[i] = i 
f = plt.figure() 
ax = f.add_subplot(111) 
res = ax.imshow(log_transform(a)) 
# the colorbar drawn shows [0-1], but I want to see [0-99] 
cb = f.colorbar(res) 

Próbowałem za pomocą cb.set_array, ale to nie wydaje się robić nic, a cb.set_clim, ale to przeskalowanie kolory całkowicie.

Answer 1

Tak, jest! Użyj LogNorm. Oto fragment kodu z narzędzia, które napisałem, aby wyświetlić macierze zamieszania w skali logarytmicznej.

from pylab import figure, cm 
from matplotlib.colors import LogNorm 
# C = some matrix 
f = figure(figsize=(6.2,5.6)) 
ax = f.add_axes([0.17, 0.02, 0.72, 0.79]) 
axcolor = f.add_axes([0.90, 0.02, 0.03, 0.79]) 
im = ax.matshow(C, cmap=cm.gray_r, norm=LogNorm(vmin=0.01, vmax=1)) 
t = [0.01, 0.1, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8, 1.0] 
f.colorbar(im, cax=axcolor, ticks=t, format='$%.2f$') 
f.show() 

Answer 2

Jeśli chcesz po prostu obraz należy zalogować znormalizowane (w celu zwiększenia szczegóły), ale nie dane (w celu zachowania wartości fizyczne), wtedy trzeba zastosować transformację na samą mapą kolorów. Można to zrobić z cmap_map function() podany w książce kucharskiej: http://www.scipy.org/Cookbook/Matplotlib/ColormapTransformations