Jak skonfigurować conda-zainstalowany R do użytku z RStudio?

Question

Próbowałem skonfigurować moją R użyciu conda (ostatecznie do korzystania ze zlewki notebooki) i chcę, aby móc korzystać z mojego Conda RStudio zainstalowanych wersji R.

Moja metoda instalowania R:

conda install -c r r 
conda install -c r r-essentials 
conda install -c r r-rserve 
conda install -c r r-devtools 
conda install -c r r-rcurl 
conda install -c r r-RJSONIO 
conda install -c r r-jpeg 
conda install -c r r-png 
conda install -c r r-roxygen2 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger 

Pobiegłem tej wersji R (I tylko zainstalowaniu tej wersji)

> version 
       _       
platform  x86_64-apple-darwin11.0.0 
arch   x86_64      
os    darwin11.0.0     
system   x86_64, darwin11.0.0   
status          
major   3       
minor   3.1       
year   2016       
month   06       
day   21       
svn rev  70800      
language  R       
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21) 
nickname  Bug in Your Hair 

Running R w Jupyter jest trochę buggy. Na przykład, gdy generuje błędy, wyprowadza do stdout i dzieli każdy znak w łańcuchu z podziałem linii. Chcę użyć RStudio, ale nie chcę instalować kolejnej wersji R.

Jak mogę skierować moją wersję warunkową R do RStudio?

Oto mój .bash_profile nie wiem, czy to będzie przydatne:

$ cat ~/.bash_profile 
# added by Anaconda3 4.0.0 installer 
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH" 

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

Próbowałem się do tych tutoriali ale jestem zgubiony. Naprawdę nie jestem zbyt zaznajomiony ze zmiennymi środowiskowymi i takimi rzeczami.

(1) https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda

(2) Launch mac eclipse with environment variables set

kiedy spojrzałem na mój R on skierował mnie do:

$ which R 
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

ale kierunki od (1) korzysta z tej drogi, która jest bardzo mylące:

/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R 

Próbowałem zrobić to, co zrobił ten facet i dodałem to do mojego .bash_profile, ale to nie zadziałało. I nawet popełnił .bashrc ale nadal nie działa (I sourced zarówno po dodaniu linii)

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

Niestety anaconda ma samouczek na ten cel w https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration

Answer 1

Tak długo, jak which R pokazuje działający interpreter R (co powinien zrobić, jeśli zainstalowałeś pakiet r z conda i aktywowałeś swoje środowisko), a następnie unching rstudioz tego samego środowiska powinien go odebrać dobrze.

Dla testu na ArchLinux, I zbudowany i zainstalowany: https://aur.archlinux.org/packages/rstudio-desktop-git/

..następnie wymuszono usunięcie interpretera R (pacman -Rdd r), a następnie zainstalowano r z conda (conda install -c r r) i działało dobrze. Potem zamknęłam terminal i otworzył nową kartę (tak, że prawidłowe conda środowisko nie było aktywowana i z powodzeniem wprowadzony RStudio za pomocą następującego polecenia: RSTUDIO_WHICH_R=/home/ray/r_3_3_1-x64-3.5/bin/R rstudio

myślę sedno jest uruchomienie RStudio z prawej środowisku swoimi? ~/.bash_profile i są pobierane tylko po uruchomieniu bash. Aby ustawić zmienne środowiskowe tak, aby środowisko pulpitu o nich wiedziało, w systemie Linux powinieneś umieścić je w ~/.profile lub w /etc/pam.d (może być konieczne wylogowanie lub zamknięcie po zrobieniu te zmiany) i na OS X, powinieneś sprawdzić https://apple.stackexchange.com/q/57385

Answer 2

Aktualizacja: DODAJ DO ~/.bash_profile!

export RSTUDIO_WHICH_R="/Users/jespinoz/anaconda/bin/R" 
launchctl setenv RSTUDIO_WHICH_R $RSTUDIO_WHICH_R 

kuponów do @ Z-Shiyi do ostatniej linii https://github.com/conda/conda/issues/3316#issuecomment-241246755

---

dodatek do tego, co powiedział @Ray Donnelly powyżej. Zasadniczo, musi być wykonane z właściwego środowiska (tj. Uruchomić je z terminala).

Można:

(A) W takim przypadku należy ~/.bash_profile export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R (jeśli jesteś przy użyciu Conda ale można umieścić dowolny R path)

(B), a następnie wpisać to w terminalu po jego zakupie (albo ponownie uruchomić terminal lub wykonać source .bash_profile): To powinno zadziałać.

czy można zrobić to, co zrobiłem:

(A) otworzyć Automator (przepraszam, jeśli nie jesteś na mac, to będzie działać tylko na mac)

(B) użyć Run Shell Script

(C), a następnie usunąć cat który jest już tam i umieścić w: export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R open -a RStudio

(D) Zapisz go jako coś w rodzaju run_rstudio.app następnie wystarczy uruchomić to i to powinno działać:

Answer 3

Aktualizacja: Anaconda Dystrybucja posiada obecnie pakiety RStudio więc powinieneś być w stanie korzystać z tego i nie trzeba skakać przez obręcze, żadnych w ogóle. Można go również zainstalować bezpośrednio w programie Anaconda Navigator.

Answer 4

Zobacz https://anaconda.org/r/rstudio:

$ conda install -c r rstudio 

Następnie z wiersza poleceń:

$ rstudio 

(Jest to jak zainstalowałem to i to działa.)