kodów rcpp nie można wczytać z biblioteką boost (jak zaimplementowano w BH), gdy używam boost :: iostreams :: gzip_decompress

Question

Chciałbym odczytać dane z pliku .bz. Próbuję to zrobić za pomocą rcpp plus boost przy użyciu biblioteki BH. Używam wersji 3.2.0 na MacOSX 10.10.3, Rcpp wersji 0.11.6 i BH 1.58.0-1.

Oto mój kod do tej pory:

// [[Rcpp::depends(BH)]] 

#include <Rcpp.h> 
#include <iostream> 
#include <fstream> 
#include <boost/iostreams/device/file.hpp> 
#include <boost/iostreams/filtering_stream.hpp> 
#include <boost/iostreams/filter/gzip.hpp> 
#include <boost/math/common_factor.hpp> 

using namespace Rcpp; 

// [[Rcpp::export]] 
int read_file_cpp(std::string path) { 
    std::ifstream file(path.c_str(), std::ios_base::in | std::ios_base::binary); 
    boost::iostreams::filtering_istream in; 
    in.push(boost::iostreams::gzip_decompressor()); 
    in.push(file); 
    for(std::string str; std::getline(in, str);) 
    { 
    std::cout << "Processed line " << str << '\n'; 
    } 
    file.close(); 
    return(0); 
} 

Kiedy próbuję załadować kodu poprzez:

Rcpp::sourceCpp(file = "src/boost_test.cpp") 

pojawia się następujący błąd:

Error in dyn.load("/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so") : unable to load shared object '/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so': dlopen(/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so, 6): Symbol not found: __ZN5boost9iostreams6detail11gzip_footer5resetEv Referenced from: /var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so Expected in: flat namespace in /var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so

przez niektórych usterek , problematyczna linia wydaje się być:

in.push(boost::iostreams::gzip_decompressor()); 

Wydaje się, że główną przyczyną jest gzip_decompressor(). Jeśli spróbuję, gzip_compressor() zamiast tego program działa poprawnie (z wyjątkiem tego, że po prostu dostaję binarny bełkot na ekranie).

Przeglądając kod BH, potwierdziłem, że kod gzip_decompressor jest tam, gdzie powinien.

Dziękuję za pomoc.

UPDATE

następstwie sugestii Dirk i nrussell, to w jaki sposób rozwiązać ten problem.

Pobrane wzmocnienie z here.

Przeczytaj instrukcję here.

rozpakowany, a prowadził następujące:

./bootstrap.sh --help 

przeczytać instrukcję i postanowił mi tylko potrzebny do kompilacji iostreams. Tak więc uruchomiono następujące:

./bootstrap.sh --with-libraries=iostreams 
./b2 

Wykreślono ścieżkę, na której kompilator szuka bibliotek. Jestem pewien, że istnieje lepszy sposób to zrobić, ale wpadłem następujące z wiersza R:

Rcpp::sourceCpp('src/boost_test.cpp', verbose = T, rebuild = T) 

z poniższego tekstu, zauważył, że „/ usr/local/lib” był w drodze. Tak więc, z wiersza poleceń, stworzyłem link do biblioteki w prawidłowej ścieżce:

ln -s /Users/andersgs/Downloads/boost_1_58_0/stage/lib/libboost_iostreams.dylib /usr/local/lib/ 

To oczywiście muszą zostać poprawione później, gdyż nie będzie pobyt w moim folderze Pobrane.

Następnie, postępuj zgodnie z instrukcjami Dirka, z zaleceniem nrussell. Z powrotem w R:

Sys.setenv("PKG_LIBS"="-lboost_iostreams") 
Rcpp::sourceCpp('src/boost_test.cpp', verbose = T, rebuild = T) 

Sukces !!! Poprawnie skompilowane. Działa również.

Dziękuję wam obojgu.

Anders.

Answer 1

Czy jesteś pewien, że działa to tylko "nagłówek"?

Jeśli nie, musisz upewnić się, że podajesz odpowiednie argumenty - patrz Rcpp Gallery example on Boost regex.