2013-07-21 30 views
7

Próbuję usunąć pakiet ze wszystkimi jego zależnościami. Problem, na który napotykam, to kolejność rozładowywania zależności. Ponieważ zależności są rekursywne, można je tylko rozładować z dołu do góry w drzewie zależności.Rozładuj pakiet i wszystkie zależności.

Czy istnieje prosty lub natywny sposób w R, aby osiągnąć ten cel? Poniżej pierwszej podróży w tym, co chciałbym osiągnąć:

eval_current <- function(expr, envir=parent.frame(), timeout=60){ 
    #set the timeout 
    setTimeLimit(elapsed=timeout, transient=TRUE); 

    #currently loaded packages 
    currentlyattached <- search(); 
    currentlyloaded <- loadedNamespaces(); 

    on.exit({ 
    #reset time limit 
    setTimeLimit(cpu=Inf, elapsed=Inf, transient=FALSE); 

    #try to detach packages that were attached during eval 
    nowattached <- search(); 
    todetach <- nowattached[!(nowattached %in% currentlyattached)]; 
    for(i in seq_along(todetach)){ 
     try(detach(todetach[i], unload=TRUE, character.only=TRUE, force=TRUE)); 
    } 

    #try to unload packages that are still loaded 
    nowloaded <- loadedNamespaces(); 
    tounload <- nowloaded[!(nowloaded %in% currentlyloaded)]; 
    for(i in seq_along(tounload)){ 
     try(unloadNamespace(tounload[i])); 
    }  

    }); 

    eval(expr, envir) 
} 

Ale to skutkuje:

> eval_current({library(ggplot2); qplot(rnorm(100));}) 
Error in unloadNamespace(tounload[i]) : 
    namespace ‘colorspace’ is imported by ‘munsell’ so cannot be unloaded 
Error in unloadNamespace(tounload[i]) : 
    namespace ‘dichromat’ is imported by ‘scales’ so cannot be unloaded 
Error in unloadNamespace(tounload[i]) : 
    namespace ‘grid’ is imported by ‘gtable’ so cannot be unloaded 
Error in unloadNamespace(tounload[i]) : 
    namespace ‘labeling’ is imported by ‘scales’ so cannot be unloaded 
Error in unloadNamespace(tounload[i]) : 
    namespace ‘munsell’ is imported by ‘scales’ so cannot be unloaded 
+3

Ja bym 'killall R; R "zamiast tego. Procesy są tanie. –

+0

Haha tak, to już jest rozwiązanie specyficzne dla systemu Windows. Na unixie możemy po prostu użyć tymczasowego widelca. – Jeroen

+1

Za każdą minutę spędzoną na inżynierii wokół brodawek Windows, $ Deity zabija kotka. Po prostu tego nie rób. –

Odpowiedz

1

Działa to dla mnie - trochę surowy, ale dostaje zadanie.

on.exit({ 
    #reset time limit 
    setTimeLimit(cpu=Inf, elapsed=Inf, transient=FALSE); 

    #try to detach packages that were attached during eval 
    nowattached <- search(); 
    todetach <- nowattached[!(nowattached %in% currentlyattached)]; 
    while(! length(todetach) == 0){ 
    for(i in seq_along(todetach)){ 
     suppressWarnings(tryCatch(detach(todetach[i], unload=TRUE, character.only=TRUE, force=TRUE),error = function(x) return(NA))) 
    } 
    nowattached <- search(); 
    todetach <- sample(nowattached[!(nowattached %in% currentlyattached)]); 
    } 

    #try to unload packages that are still loaded 
    nowloaded <- loadedNamespaces(); 
    tounload <- nowloaded[!(nowloaded %in% currentlyloaded)]; 
    while(! length(tounload) == 0){ 
    for(i in seq_along(todetach)){ 
     suppressWarnings(tryCatch(unloadNamespace(tounload[i]),error = function(x) return(NA))) 
    } 
    nowloaded <- loadedNamespaces(); 
    tounload <- sample(nowloaded[!(nowloaded %in% currentlyloaded)]); 
    } 
}); 
+0

Myślę, że pętla for w drugim, podczas gdy powinna być dla (w seq_along (tounload)) – PolBM