RStudio nie widzi pakietów po aktualizacji do R 3,4

Question

Mam Ubuntu 16.04 i po aktualizacji do 3.4.1 wersji R nie zobaczyć moje paczki choć zostały również aktualizacja:

> library(dplyr) 
Error in library(dplyr) : there is no package called ‘dplyr’ 

Paczki są tam:

$ ls ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/ | grep plyr 
dplyr 
plyr 

My .libPaths:

> .libPaths() 
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"  "/usr/lib/R/library" 

Ustawienie .libPaths do żądanej ścieżki robi to tylko na jedną sesję. Chciałbym, żeby było trwałe.

Próbowałem również ustawić zmienne R_LIBS, R_LIBS_SITE i R_LIBS_USER do żądanej ścieżki, jak wskazano here ale pracował tylko w konsoli (nie działa w RStudio).

Answer 1

Znaleziono rozwiązanie: W pliku /usr/lib/R/etc/Renviron jest konfiguracja R.

W liniach 43-45 znajduje się:

# edd Jun 2017 Comment-out R_LIBS_USER 
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'} 
##R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R/3.4/library'} 

mam odkomentowane R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}, wznowiona RStudio i teraz to działa .

EDYCJA: Patrząc na komentarze, wydaje się, że to zaplanowane zachowanie. Here to kolejne rozwiązanie.

Answer 2

Miałem podobny problem z Ubuntu 16.04. Połącz terminal R i spróbuj zainstalować jedną paczkę w terminalu. Następnie użyj rstudio.

Answer 3

Miałem ten sam problem w systemie Windows, może moje rozwiązanie działa również dla Ciebie. Domyślnym ustawieniem dla R-Studio wydaje się być to, że szuka pakietów w folderze, który ma taką samą nazwę jak najnowsza wersja R, którą zainstalowałeś.

Sprawdź więc Ustawienia biblioteki dla R-Studio, (np. Narzędzia -> Instaluj paczki -> Ścieżka pod paskiem wyszukiwania) powinieneś powiedzieć, że niektóre ścieżki kończą się na ~/3.4.1 [Default], podczas gdy pakiety znajdują się obecnie w ~/3.4.

Co zrobiłem:

skopiować/przenieść zawartość z ~/3.4 do ~/3.4.1.

Oczywiście nie jest to najmilszy sposób, ponieważ oznacza przenoszenie paczek przy każdej aktualizacji R, ale zadziałało u mnie.

Edytuj: formatowanie.