Jak zmienić nazwy etykiet, kolejność i kolory box-tick w osi X za pomocą R ggplot?

Question

Mam folder zawierający pliki CSV, każdy z dwoma kolumnami danych np

0,red 
15.657,red 
0,red 
0,red 
4.429,red 
687.172,green 
136.758,green 
15.189,red 
0.152,red 
23.539,red 
0.348,red 
0.17,blue 
0.171,red 
0,red 
61.543,green 
0.624,blue 
0.259,red 
338.714,green 
787.223,green 
1.511,red 
0.422,red 
9.08,orange 
7.358,orange 
25.848,orange 
29.28,orange 

Używam następujący kod R do generowania boxplots:

files <- list.files(path="D:/Ubuntu/BoxPlots/test/", pattern=NULL, full.names=F, recursive=FALSE) 
files.len<-length(files) 
col_headings<-c("RPKM", "Lineage") 

for (i in files){ 
    i2<-paste(i,"png", sep=".") 
    boxplots<-read.csv(i, header=FALSE) 
    names(boxplots)<-col_headings 
    png(i2) 
    bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) 
    print(bplot) 
    graphics.off() 
} 

Teraz chcę zmienić kolor boków, aby pasowały do ​​odpowiadających im kolorowych etykiet osi X. Chcę również zmienić nazwy etykiet osi X, a także ich kolejność. Czy istnieje sposób, aby to zrobić, używając ggplot lub qplot?

Answer 1

Building off odpowiedzi @ Shadow, oto jak można ręcznie zmienić etykiety osi x. Rzuciłem również kilka innych zmian, które pomagają poprawić wygląd wykresu i legendy:

colorder <- c("green", "orange", "red", "blue") 
bplot<-ggplot(temp, aes(Lineage, RPKM)) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
    geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
    scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points) 
        limits=colorder, 
        values=colorder, 
        labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4"), 
        name="Group") + 
    scale_fill_manual(breaks=colorder, # fill scale (for boxes) 
        limits=colorder, 
        values=colorder, 
        labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4") 
        name="Group") + 
    scale_x_discrete(limits=colorder,labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")) + 
    theme_bw() 

Dodanie opcji labels do scale_x_discrete warstwą działki pozwala na zmianę etykiety osi. Dodanie labels do obu scale_fill_manual i scale_color_manual pozwala na zmianę etykiet legendy. Dodanie name do obu pozwala zmienić nagłówek legendy. Na koniec dodałem theme_bw() do wykresu, aby uczynić białe tło i dodać obramowanie wokół wykresu. Mam nadzieję, że pomaga!

Answer 2

Tak, możesz to zrobić. Użyj scale_color_manual, scale_fill_manual i scale_x_discrete następująco:

# specify colors and order 
colorder <- c("green", "orange", "red", "blue") 
bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
    geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
    scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points) 
        limits=colorder, 
        values=colorder) + 
    scale_fill_manual(breaks=colorder, # fill scale (for boxes) 
        limits=colorder, 
        values=colorder) + 
    scale_x_discrete(limits=colorder) # order of x-axis