R - Tworzenie wykres punktowy z ramki danych

Question

Mam ramki danych all że wyglądać tak:

http://pastebin.com/Xc1HEYyH

Teraz chcę utworzyć wykres punktowy z nagłówków kolumn w osi x i odpowiednie wartości jako punkty danych. Na przykład:

7|     x 
6|   x  x 
5| x  x  x  x  
4| x  x   x 
3|        x  x 
2|        x  x 
1| 
--------------------------------------- 
    STM STM STM PIC PIC PIC 
    cold normal hot cold normal hot 

To powinno być łatwe, ale nie wiem jak.

Pozdrowienia

Answer 1

Podstawową ideą, jeśli chcesz wykreślić używając Hadley ggplot2 jest, aby dane w postaci:

 x   y 
col_names  values 

I można to zrobić za pomocą melt funkcję z Hadley reshape2. Wykonaj ?melt, aby zobaczyć możliwe argumenty. Jednak tutaj, ponieważ chcemy, aby stopić cały data.frame, musimy tylko,

melt(all) 
# this gives the data in format: 
# variable value 
# 1 STM_cold 6.0 
# 2 STM_cold 6.0 
# 3 STM_cold 5.9 
# 4 STM_cold 6.1 
# 5 STM_cold 5.5 
# 6 STM_cold 5.6 

Tutaj x będzie następnie kolumna variable i y zostaną odpowiadające value kolumnę.

require(ggplot2) 
require(reshape2) 
ggplot(data = melt(all), aes(x=variable, y=value)) + 
      geom_point(aes(colour=variable)) 

Jeśli nie chcesz kolory, a potem po prostu usunąć aes(colour=variable) wewnątrz geom_point tak, że staje się geom_point().

Edit: powinienem chyba wspomnieć tutaj, że można również zastąpić geom_point z geom_jitter że dam ci dobrze, jittered punkty:

Answer 2

Oto dwa opcje do rozważenia. Pierwsza wykorzystuje dotplot z "kraty" pakietu:

library(lattice) 
dotplot(values ~ ind, data = stack(all)) 

Drugi wykorzystuje dotchart z opcji zasady R jest "grafika". Aby skorzystać z funkcji dotchart, trzeba owinąć data.frame w as.matrix:

dotchart(as.matrix(all), labels = "") 

Należy pamiętać, że punkty w tej grafice są nie „jittered”, ale raczej przedstawiane w kolejności, w jakiej zostały nagrane. To znaczy, najniższym punktem jest pierwszy rekord, a najwyższym punktem jest ostatni rekord. Jeśli przybliżysz wykres do tego przykładu, zobaczysz, że masz 16 bardzo słabych poziomych linii. Każda linia reprezentuje jeden wiersz z każdej kolumny. Tak więc, jeśli spojrzysz na kropki dla "STM_cold" lub innych zmiennych, które mają wartości NA, zobaczysz kilka pustych wierszy u góry, gdzie nie ma dostępnych danych.

Ma to swoje zalety, ponieważ może wykazywać trend w czasie, jeśli wartości są rejestrowane chronologicznie, ale może być także wadą, jeśli w źródłowej ramce danych znajduje się zbyt wiele wierszy.

Answer 3

Trochę manualną wersji zastosowaniem zasady grafiki R tylko dla zabawy.

Pobierz dane:

test <- read.table(text="STM_cold STM_normal STM_hot PIC_cold PIC_normal PIC_hot 
6.0 6.6 6.3 0.9 1.9 3.2 
6.0 6.6 6.5 1.0 2.0 3.2 
5.9 6.7 6.5 0.3 1.8 3.2 
6.1 6.8 6.6 0.2 1.8 3.8 
5.5 6.7 6.2 0.5 1.9 3.3 
5.6 6.5 6.5 0.2 1.9 3.5 
5.4 6.8 6.5 0.2 1.8 3.7 
5.3 6.5 6.2 0.2 2.0 3.5 
5.3 6.7 6.5 0.1 1.7 3.6 
5.7 6.7 6.5 0.3 1.7 3.6 
NA NA NA 0.1 1.8 3.8 
NA NA NA 0.2 2.1 4.1 
NA NA NA 0.2 1.8 3.3 
NA NA NA 0.8 1.7 3.5 
NA NA NA 1.7 1.6 4.0 
NA NA NA 0.1 1.7 3.7",header=TRUE) 

Skonfiguruj podstawowe działki:

plot(
    NA, 
    ylim=c(0,max(test,na.rm=TRUE)+0.3), 
    xlim=c(1-0.1,ncol(test)+0.1), 
    xaxt="n", 
    ann=FALSE, 
    panel.first=grid() 
    ) 

axis(1,at=seq_along(test),labels=names(test),lwd=0,lwd.ticks=1) 

Plot niektórych punktach, z pewnymi osi x jitter ing więc nie są one drukowane na górze siebie.

invisible(
    mapply(
     points, 
     jitter(rep(seq_along(test),each=nrow(test))), 
     unlist(test), 
     col=rep(seq_along(test),each=nrow(test)), 
     pch=19 
     ) 
) 

Wynik:

edit

Oto przykład za pomocą przezroczystości alfa na punkty i pozbycie się jitter jak omówiono w poniższych uwag Ananda.

invisible(
    mapply(
     points, 
     rep(seq_along(test),each=nrow(test)), 
     unlist(test), 
     col=rgb(0,0,0,0.1), 
     pch=15, 
     cex=3 
     ) 
)