Dlaczego ten pakiet R nie zostanie zainstalowany i jak mogę go naprawić?

Question

Chciałbym włączyć podprogram Fortran w pakiecie R. Zawsze budowałem tylko pakiety za pomocą devtools i roxygen (więc moja wiedza może być dość ograniczona). Dostaję błąd, który uniemożliwia mi zainstalowanie pakietu po jego zbudowaniu, ponieważ nie jest to aplikacja Win32 ...

Używam Rtools 3.3. Moja informacji sesja:

> sessionInfo() 
R version 3.2.2 (2015-08-14) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1 

locale: 
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252 
[4] LC_NUMERIC=C       LC_TIME=English_United States.1252  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] roxygen2_5.0.1 devtools_1.9.1 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] magrittr_1.5 tools_3.2.2 Rcpp_0.12.1 memoise_0.2.1 stringi_1.0-1 stringr_1.0.0 digest_0.6.8 

Aby początkowo zbudować pakiet, to uruchomić:

library(devtools) 
library(roxygen2) 

setwd("C:/panterasBox") 
create("myPack") 
setwd("C:/panterasBox/myPack") 
dir.create("C:/panterasBox/myPack/src") 

Jest to kod Fortran, zapisane jako myFunc.f w pliku /src:

  subroutine myFunc(x) 
     implicit none 
     real(8) x 

     x = x + 2 

     return 
     end 

Opakowanie R używam do wywoływania (zapisywane w pliku /R):

#' @title A test 
#' @description a test function. 
#' @param x this is a number 
#' @useDynLib myPack 
#' @export 
myFunc <- function(x){ 
    if (!is.loaded('myFunc')) { 
    dyn.load("/src/myPack.dll") 
    } 
    myCall <- NULL 
    myCall <- .Fortran("myFunc", x=as.double(x), PACKAGE="myPack") 
    return(myCall$x) 
} 

Teraz, aby tworzyć dokumentację i zainstalować pakiet, to uruchomić:

> document() 
Updating myPack documentation 
Loading myPack 
Re-compiling myPack 
"C:/Users/pantera/DOCUME~1/R/R-32~1.2/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD INSTALL \ 
"C:\panterasBox\myPack" --library="C:\Users\pantera\AppData\Local\Temp\RtmpQdJJko\devtools_install_1df837dd6c29" --no-R \ 
--no-data --no-help --no-demo --no-inst --no-docs --no-exec --no-multiarch --no-test-load 

* installing *source* package 'myPack' ... 
** libs 
gfortran -m64  -O2 -mtune=core2 -c myFunc.f -o myFunc.o 
gcc -m64 -shared -s -static-libgcc -o myPack.dll tmp.def myFunc.o -Ld:/RCompile/r-compiling/local/local320/lib/x64 -Ld:/RCompile/r-compiling/local/local320/lib -lgfortran -LC:/Users/pantera/DOCUME~1/R/R-32~1.2/bin/x64 -lR 
installing to C:/Users/pantera/AppData/Local/Temp/RtmpQdJJko/devtools_install_1df837dd6c29/myPack/libs/x64 
* DONE (myPack) 
First time using roxygen2. Upgrading automatically... 
Updating roxygen version in C:\panterasBox\myPack/DESCRIPTION 
Writing NAMESPACE 
Writing myFunc.Rd 
> install("myPack") 
Installing myPack 
"C:/Users/pantera/DOCUME~1/R/R-32~1.2/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD INSTALL \ 
"C:/panterasBox/myPack" --library="C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library" --install-tests 

* installing *source* package 'myPack' ... 
** libs 

*** arch - i386 
make: Nothing to be done for `all'. 
installing to C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/i386 

*** arch - x64 
make: Nothing to be done for `all'. 
installing to C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/x64 
** R 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
*** arch - i386 
Error in inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) : 
    unable to load shared object 'C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/i386/mypack.dll': 
    LoadLibrary failure: %1 is not a valid Win32 application. 

Error: loading failed 
Execution halted 
*** arch - x64 
ERROR: loading failed for 'i386' 
* removing 'C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack' 
Error: Command failed (1) 

Próbowałem również do budowy i sprawdzić pakiet za pomocą linii komend przy użyciu R CMD build myPack a następnie R CMD check myPack_*tar.gz. Jedyny błąd, jaki robię, jest związany z moim pakietem LaTeX.

Dziękuję za przeczytanie tego i doceniam każdą oferowaną pomoc.

Nota prawna: Zadałem to pytanie wcześniej, ale chciałem zapytać ponownie w "minimalistycznym stylu".

Answer 1

Jest oczywiste, że jest to problem z architekturą. Wygląda na to, że wersja x64 pakietu (który prawdopodobnie jest tym, czego potrzebujesz) została zbudowana pomyślnie, ale kompilacja x86, a tym samym całe zadanie, nie powiodła się. Wypróbuj następujące:

1. Dodaj --no-multiarch opcję połączenia install. Dzięki temu RCmd nie będzie budowane dla x86, ponieważ twoim głównym łukiem jest x64.
2. (Prawdopodobnie opcjonalnie, ale tylko dla wygody.) Dodaj opcję --no-test-load do połączenia install. Dzięki temu RCmd nie będzie oceniać powodzenia zadania kompilacji przez sukces ładowania pakietu.
3. Załaduj pakiet ręcznie za pomocą library('myPack') i sprawdź, czy działa.

Podsumowując, należy wymienić swoje wezwanie install z:

install('myPack', args=c('--no-multiarch','--no-test-load')) 
library('myPack') 

Answer 2

Wygląda na to, ładujesz dyn.load("/src/myPack.dll")

ale podczas instalowania go szuka:

'C:/Users/pantera/Documents/R/R-3.2.2/library/myPack/libs/i386/mypack.dll' 

(czyli nie kapitał P)

* Niestety nie mam dosyć rep, aby umieścić to jako komentarz.