2012-05-31 5 views
5

Funkcja heatmap w R ma pomóc człowiekowi w interpretacji względnych wartości elementów macierzy. Wydaje się jednak, że komórki nie są konsekwentnie kolorowane w obrębie danego wykresu, co stanowi poważną przeszkodę w prawidłowym interpretowaniu względnych wartości.Dlaczego komórki kolorów funkcji R działają konsekwentnie?

Na przykład, załóżmy generować jakieś dane przez złączenie kolumn normalnych losowymi zmiennymi:

foo <- cbind(replicate(10,rnorm(10))) 

Teraz gdybyśmy korelują kolumny Foo, możemy sprawdzić, czy możemy dostać 1 w ukośnych zgłoszeń od korelacji każdy kolumna z siebie 1:

cor.matrix <- cor(foo) 

ale kiedy działki:

heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA) 

(jesteśmy tłumienia dendrogramie reording tutaj, mimo że nie wydają się znaczenia)

ukośnych komórkach nie są jednolicie kolorowe, jak widać: here

Może ktoś wyjaśnić, co tu się dzieje?

Odpowiedz

7

Domyślnie mapa termiczna skaluje się według "wiersza".

heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA, scale="none")