Pakiet błąd podczas uruchamiania kodu R w linii komend

Question

mam jakiś kod, który mogę uruchomić tę część, która obejmuje:

if (!require("yaml")) { 
    install.packages("yaml") 
    library("yaml") 
} 

Kiedy uruchomić w nim rstudio, wszystko działa płynnie i nie ma żadnych błędów. Jednak przy próbie mój kod działa w wierszu polecenia, otrzymuję ten błąd:

$ Rscript.exe file.R 
Loading required package: yaml 
Installing package(s) into ‘/usr/lib/R/site-library’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
    trying to use CRAN without setting a mirror 
Calls: install.packages -> grep -> contrib.url 
In addition: Warning message: 
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : 
    there is no package called ‘yaml’ 
Execution halted 

Answer 1

RStudio ustawia domyślnego repozytorium podczas rozmowy install.packages od wewnątrz RStudio. Po uruchomieniu skryptu za pomocą wiersza poleceń musisz powiedzieć R, którego repozytorium ma użyć (lub ustawić globalne repozytorium domyślne).

Możesz łatwo rozwiązać ten problem, mówiąc do R, aby użyć swojego ulubionego repozytorium.

Na przykład, jeśli chcesz korzystać z repozytorium pakietów RStudio, ustaw repos="http://cran.rstudio.com/" w rozmowie install.packages.

if (!require("yaml")) { 
    install.packages("yaml", repos="http://cran.rstudio.com/") 
    library("yaml") 
} 

To powinno zadziałać!