Linia poleceń R przekazująca nazwę pliku do skryptu w argumentach (Windows)

Question

Mam trudności z przekazaniem nazwy pliku do mojego skryptu R. Plik jest plikiem csv z parametrami wsadowymi dla wielu uruchomień skryptu. Próbuję dołączyć to tutaj, aby użytkownik nie musiał edytować skryptu R w celu określenia położenia tego pliku.

składnia wiersza poleceń My Windows jest:

R CMD BATCH --slave "--args fn=batch.csv" myscript.r output.txt 

Najbliżej Dostałem do pobierania w moim skrypcie R jest robienie:

eval(parse(file=commandArgs()[8]))) 
batch_args = read.table(fn, sep=",") 

I eksperymentowali z commandArgs(trailingOnly=TRUE) i parse(text=commandArgs()[8]), etc ., bez szczęścia. Większość dokumentacji, którą widziałem, nie dotyczy w szczególności przekazywania nazw plików. Czy ktoś może pomyśleć o rozwiązaniu?

Answer 1

Jak powiedziałem w moim komentarzu, użyłbym Rscript zamiast R CMD BATCH:

Rscript myscript.R batch.csv 

gdzie myscript.R zawiera:

args <- commandArgs(TRUE) 
batch_args <- read.table(args[1], sep=",") 
# loop over multiple runs 

Answer 2

Co masz na myśli mówiąc "nie ma szczęścia"? Nazwa pliku jest tam, w funkcji commandArgs(), po prostu trzeba się dowiedzieć, jak ją wydobyć. Kod i komunikaty o błędach są przydatne.

To nie jest problem, jeśli jedynym dodatkowym argumentem jest nazwa pliku, znasz jego położenie. To, co cię zmyli, jest wtedy, gdy zaczniesz przyjmować bardziej złożone argumenty.

Powoduje to również komplikacje przy przekazywaniu "fn = foo.csv". Wystarczy podać nazwę pliku i przypisać go do fn w swoim skrypcie. Jeśli naprawdę chcesz używać eval prawdopodobnie trzeba zacytować swoją nazwę pliku, a tym samym myscript.r jest:

ca = commandArgs(trailingOnly=TRUE) 
eval(parse(text=ca)) 
print(read.csv(fn)) 

i uruchomić w następujący sposób:

R --slave "--args fn='batch.csv'" < myscript.r 
    A B C 
    1 1 2 3 
    2 6 8 3 

Gdzie batch.csv jest prosty plik CSV.

Możesz zrobić pętlę nad "ca" w swoim skrypcie i ocenić wszystko. Jest to jednak nieco niebezpieczne, ponieważ można łatwo złamać podstawową funkcjonalność.

Osobiście obejrzę pętlę ca, poszukaj par nazwa = wartość dla znanego zestawu nazw i ustawię je. Zasadniczo realizacji getopt, ale ktoś chyba że odbywa się już ...

Answer 3

Poza używaniem Rscript (jak powiedział Josh) powinieneś także używać pakietów CRAN getopt lub optparse, ponieważ zostały napisane w tym celu.

Answer 4

spróbować

fn="batch.csv"; R CMD BATCH --slave "--args $fn" myscript.r output.txt