Organizacja kodu w rozwoju pakietu R

Question

Podczas tworzenia pakietów w R wszystkie pliki źródłowe R są umieszczane w podkatalogu R/, a cały skompilowany kod jest umieszczany w podkatalogu src/.

Chciałbym dodać organizację do plików w tych folderach, zamiast umieszczać wszystko na najwyższym poziomie. Na przykład, powiedzmy, że hipotetycznie rozwijam aplikację klient-serwer. Logicznie, chciałbym zorganizować wszystkie moje pliki źródłowe R klienta w R/client/ i wszystkie moje pliki źródłowe R serwera w R/server/.

Czy można organizować kod w podfolderach podczas tworzenia pakietu, a jeśli tak, to w jaki sposób? Podręcznik Writing R Extensions nie oferuje żadnych wskazówek, ani nie wykrywa plików przechowywanych w podfolderach pod numerem R/.

Answer 1

Nie można korzystać z podfolderów bez dodatkowej konfiguracji (np. Definiowanie niestandardowego pliku Makefile). Najlepsze co możesz zrobić, to użyć prefiksów: client-a.r, client-b.r, server-a.r, server-b.r itd

Answer 2

rozszerzenie komentarz IMHO błędnej odpowiedzi Hadley:

Spójrz na opakowaniu Matrix (napisany przez członków R rdzenia), które ma pięć folderów poniżej src/, a dwa z nich zawierają inne podfoldery. Innym przykładem są pakiety Rsymphony (współ) napisane i utrzymywane przez członka R Core.

Nie robimy tego dla osób o słabym sercu. R zdecydowanie preferuje fragment src/Makevars na pełnym src/Makefile, aby móc skonstruować własne wersje Makefile dla różnych podarchitektur. Ale jeśli wiesz, że masz niewielki wpływ i jesteś gotów włożyć ten wysiłek, jest to całkowicie wykonalne - i gotowe.

Mimo to nadal nie jest to zalecane.

Answer 3

Rozpoznanie wątku jest nieco stare, po prostu pomyślałem, że wrzucę moje rozwiązanie tego problemu. Zauważ, że mój problem jest podobny, ale interesuje mnie tylko zachowanie hierarchii folderów podczas programowania.

W trakcie projektowania organizuję moje pliki skryptów w podfolderach do zawartości mojego serca, ale zamiast walczyć z płaską hierarchią R w produkcji, dodałem własną "stałą czasu kompilacji", że tak powiem.

Oznacza to, że w każdym pliku znajduje się w podkatalogu (nie w skryptach najwyższego szczebla /), dodaję następujące:

if (!exists("script.debug")) 
    script.debug = FALSE 

Następnie załadować cokolwiek inne zależności są wymagane, co następuje:

source.list <- c(
      "script_1.R", 
      "script_2.R", 
      "script_3.R", 
      "script_4.R" 
      ) 

if (script.debug) 
    source.list <- paste("./script_subfolder/", source.list, sep="") 

lapply(source.list, source) 

Domyślnym założeniem jest, że kod jest w trakcie produkcji, (source.debug = FALSE), więc podczas tworzenia upewnij się, że source.debug = TRUE, a skrypt/folder projektu jest ustawiony jako katalog roboczy przed ładowanie dowolnych plików skryptów.

Oczywiście ten przykład jest trochę prosty - zakłada, że ​​wszystkie zależności plików skryptowych istnieją w tym samym folderze, ale wydaje się, że prostym problemem jest zaprojektowanie systemu, który pasowałby do bardziej skomplikowanych hierarchii folderów programistycznych.

Answer 4

Kłóciłem się z głównym zespołem R [Zezwalaj na podfoldery w katalogu "pakiet/R /"] [https://bugs.r-project.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=17258]. Wydaje się, że tak naprawdę nie chcą go ulepszać. Więc mój przepływ pracy jest następujący.

1) Utwórz projekt R samo jak inne pakiety, ale pozwalają podkatalogów w folderze R/ takich jak

R/mcmc/a.R R/mcmc/b.R R/prediction/p1.R R/predection/p2.R

2) Kiedy trzeba je zapakować, przekonwertować wszystkie pliki pod R/ jak

R/mcmc_a.R R/mcmc_b.R R/prediction_p1.R R/predection_p2.R ...

3) Potem zainstalować wersję płaską do R.

napisałem prosty skrypt dla Linuksa zrobić wszystko

https://github.com/feng-li/flutils/blob/master/inst/bin/install.HS