Jak rogerdpack skomentował wiersza poleceń:
ffmpeg -i inputfile.flac output.wav
powinien robić dokładnie to, co chcesz.
Rozwiązując problemy związane z utrzymaniem wynikowego dźwięku w nienaruszonym stanie, FLAC jest formatem bezstratnym, a dekodowanie go do surowego PCM przechowywanego w pliku WAV zachowuje doskonałą wierność. Jedyne, co może Cię niepokoić, to to, czy twój plik FLAC ma wyższą niż normalną głębię bitową, jak 24, 32 lub 64 bity na próbkę, czy ma szaloną wielokanałową konfigurację. Nie sprawdzałem, czy FFmpeg obsługuje wszystkie te kombinacje. Jednak większość plików FLAC to tylko 16-bitowe, 44,1 kHz pliki audio, więc nie powinno to stanowić problemu.
Informacje o szorowaniu metadanych, sprawdź to Superuser question.
ffmpeg -i output.wav może pracować dla ciebie – rogerdpack