5
Witam używam macierzy ekspresji genów, liczba fragów do obliczenia genów ulegających ekspresji różnicowej. Chciałbym wiedzieć, jak usunąć wiersze, które mają wartości jako 0. Wtedy mój zestaw danych będzie kompaktowy i mniej fałszywe wyniki zostaną podane do dalszej analizy robię przy użyciu tej macierzy.Jak usunąć wiersze z wartościami 0 przy użyciu R
Wejście
gene ZPT.1 ZPT.0 ZPT.2 ZPT.3 PDGT.1 PDGT.0
XLOC_000001 3516 626 1277 770 4309 9030
XLOC_000002 342 82 185 72 835 1095
XLOC_000003 2000 361 867 438 454 687
XLOC_000004 143 30 67 37 90 236
XLOC_000005 0 0 0 0 0 0
XLOC_000006 0 0 0 0 0 0
XLOC_000007 0 0 0 0 1 3
XLOC_000008 0 0 0 0 0 0
XLOC_000009 0 0 0 0 0 0
XLOC_000010 7 1 5 3 0 1
XLOC_000011 63 10 19 15 92 228
Pożądany wyjście
gene ZPT.1 ZPT.0 ZPT.2 ZPT.3 PDGT.1 PDGT.0
XLOC_000001 3516 626 1277 770 4309 9030
XLOC_000002 342 82 185 72 835 1095
XLOC_000003 2000 361 867 438 454 687
XLOC_000004 143 30 67 37 90 236
XLOC_000007 0 0 0 0 1 3
XLOC_000010 7 1 5 3 0 1
XLOC_000011 63 10 19 15 92 228
Jak teraz chcę tylko, aby usunąć te wiersze, gdzie wszystkie kolumny count frag wynoszą 0 jeżeli w dowolnym rzędzie niektóre wartości są 0 i inni non zero Chciałabym zachować ten rząd w stanie nienaruszonym, jak możesz zobaczyć mój przykład powyżej.
Proszę dać mi znać, jak to zrobić.
'df [rowSums (df [-1])> 0,]' – Arun
@Arun drobne nit: PO nie określił, czy on ma tablicę liczb całkowitych lub pływaków, więc być ostrożnym , możesz chcieć sprawdzić, czy 'rowSums' jest większe niż 1e-10 lub coś podobnego. –
@CarlWitthoft, Wydaje mi się, że refluks bioinformatyczny zaczął działać. Są to odczyty z danych dotyczących ekspresji genów. Są to dyskretne liczby, a zatem prawdopodobnie będą to liczby całkowite (> = 0). – Arun