bioinformatics

7Ciepło

4Odpowiedz

Jak mogę przyspieszyć mój skrypt Pythona?

Jestem całkiem nowy w Pythonie i napisałem (prawdopodobnie bardzo brzydki) skrypt, który ma losowo wybierać podzbiór sekwencji z pliku fastq. Plik fastq przechowuje informacje w blokach po cztery wier

python performance bioinformatics fastq 2014-12-04

---

8Ciepło

1Odpowiedz

Jak zoptymalizować skrypt Pythona, który działa przez 4 ** k razy?

Język programowania: Python 3.4 Napisałem program kursu Bioinformatics 1 od Coursera. Program działa poprawnie, ale jest bardzo wolny dla dużych zestawów danych. Przypuszczam, że dzieje się tak, ponie

python python-3.x bioinformatics 2015-06-27

---

5Ciepło

3Odpowiedz

Znajdź punkty powyżej i poniżej przedziału ufności podczas korzystania z geom_stat/geom_smooth w ggplot2

Mam wykres punktowy, chcę wiedzieć, w jaki sposób mogę znaleźć geny powyżej i poniżej linii przedziału ufności? EDIT: Powtarzalne przykład: library(ggplot2) #dummy data df <- mtcars[,c("mpg","cyl")]

r ggplot2 statistics bioinformatics 2015-10-12

---

5Ciepło

3Odpowiedz

Alternatywy dla pętli w R?

mam 2 pliki które chciałbym połączyć za pomocą R. head(bed) chr8 41513235 41513282 ANK1.Exon1 chr8 41518973 41519092 ANK1.Exon2 Pierwszy z nich daje interwałów i ich nazwy. (chromosom, od, do, naz

r code-coverage bioinformatics 2015-05-19

---

5Ciepło

1Odpowiedz

Wykonywanie operacji na dużym zbiorze danych

Muszę przeprowadzić analizę na zapisie PSL, który zawiera informacje o fragmentach sekwencji DNA. Zasadniczo muszę znaleźć wpisy, które pochodzą z tego samego odczytu w tym samym kontigu (są to obie w

python python-3.x bioinformatics 2015-05-26

---

14Ciepło

2Odpowiedz

Jak buforować odczyty?

Używam Pythona/Pysam do analizy danych sekwencjonowania. W swoim tutorialu (pysam - An interface for reading and writing SAM files) dla wiązania polecenia jest napisane: "Ta metoda jest zbyt wolna dla

python caching bioinformatics samtools pysam 2015-12-16

---

5Ciepło

1Odpowiedz

prcomp i ggbiplot: niepoprawna wartość "zgnilizny"

Próbuję wykonać analizę PCA moich danych za pomocą R i znalazłem this nice guide, używając prcomp i ggbiplot. Moje dane to dwa typy próbek z trzema replikami biologicznymi (6 rzędów) i około 20000 gen

r bioinformatics pca ggbiplot 2014-11-19

---

7Ciepło

1Odpowiedz

Efektywnie skonstruuj GRanges/IRanges z Rle wektorowego

Mam wektor zakodowany w długości Run reprezentujący pewną wartość w każdej pozycji w genomie, w kolejności. Jako przykład zabawki przypuszczać miałem tylko jeden chromosom o długości 10, wtedy mam wek

r bioinformatics bioconductor run-length-encoding iranges 2016-08-30

---

5Ciepło

2Odpowiedz

półek rozmiar słownika jest> 100GB do pliku tekstowego 2Gb

tworzę plik do półek z sekwencji genomowej pliku FASTA: # Import necessary libraries import shelve from Bio import SeqIO # Create dictionary of genomic sequences genome = {} with open("Mus_muscu

python out-of-memory bioinformatics shelve 2014-11-23

---

12Ciepło

2Odpowiedz

Jak wykreślać pozycje wzdłuż chromosomu graficznego

Chciałbym wygenerować wykres przedstawiający 14 liniowych chromosomów dla organizmu, nad którym pracuję, w skali, z kolorowymi prętami w określonych miejscach wzdłuż każdego chromosomu. Idealnie chcia

r plot bioinformatics genetics 2015-11-16

---