Zostałem poproszony o pracę nad wizualizacją struktury białka, coś w stylu RasMol, gdzie użytkownik będzie otwierać plik pdb, aby uzyskać strukturę białka.Wizualizacja struktury białka
Jak mogę wygenerować strukturę białka z pliku pdb?
Chciałbym kodować w Pythonie i wizualizować strukturę powinienem używać OpenGL lub VTK? czy są jakieś inne moduły, które mogą mi pomóc w tym zakresie?
Powinieneś spróbować pymol, który ma interfejs python.
Here masz samouczek początkujących jak pymol skrypt do interakcji z poglądami
jako student można uzyskać pymol bez opłat ze strony pymols. Ponadto Gohlke zapewnia instalatory dla 32- i 64-bitowych okien i pythona 2.6-2.7.
pozwól mi być konstruktem i wskaż, że jest to kompletne rozwiązanie, które używa Pythona do skryptowania aplikacji Pymol i nic więcej. także, ponieważ nie jest zapisany na studia, musiałby zapłacić 20 000 $ lub ile kiedykolwiek kosztuje używanie pymolu. – marinara
PyMOL jest programem typu open source. Możesz skompilować własną wersję z kodu źródłowego i nie kosztuje ona pieniędzy. Linux zainstalować: http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install zainstalować Windows jest nieco trudne, ale wykonalne: http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install Its kod źródłowy jest dostępny jako python lub C/C++. Zyskasz na tym naprawdę, jeśli chcesz rozpocząć własną implementację. – HongboZhu
@HongboZhu Dobrze, ale w przypadku okien, nie jest trudno zacząć od pymolu: jak już wskazałem, możesz pobrać (bezpłatne) instalatory binarne z repozytorium Gohlke. Wygląda na to, że marinara nie zauważył mojej edycji i nie skorygował/nie skasował komentarza. – joaquin
Myślę, że Pymol nie jest już wolny, ponieważ musi zostać zakupiony od Schrödingera. Kilka darmowych programów: - Jmol (bad !! nie używać, chyba że jeśli nie masz innych opcji) - PyMol (jeśli jesteś akademicki) - Yasara - Discovery studio (AcceIrys) - RasMol (nr dłużej utrzymywany) - VMD (najlepszy program do wizualizacji trajektorii). Bardzo potężny, ale nigdy go nie użyłem.
Nie wiem, czy potrafisz tworzyć skrypty we wszystkich z nich.
Dużo pracuję z PyMolem i zrobiłem jakąś wtyczkę. Jedynym ograniczeniem jest to, że możesz go używać jako przeglądarki, ale nic poza tym. Na przykład nie możesz uzyskać informacji, klikając atom.
powodzenia
Możesz pobrać źródło ze źródła sourceforge (http://sourceforge.net/projects/pymol/files/pymol/1.4.1/). Jeśli chcesz instalatorów binarnych, możesz je pobrać z witryny Golhke, tak jak wskazałem w moim poście – joaquin
Wciąż jest darmowa wersja pymolu. http://sourceforge.net/projects/pymol/ Pymol jest całkowicie zdolny do zrobienia czegokolwiek, po prostu może zająć trochę poważnego odkrywania/eksperymentowania, aby dowiedzieć się, jak to zrobić. – Ryanmt
Chimera http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ inna przeglądarka. Myślę, że jego licencja jest bardziej elastyczna niż licencja Ponova.
Piszesz własne? Myślę, że większość z tych odpowiedzi wskazuje na zaimplementowanych widzów. Powodzenia, ale wyobrażam sobie, że zajmie to dużo pracy.
Czy kod źródłowy RasMol nie jest dostępny? – PhiS
Dlaczego chcesz zaimplementować kolejny wizualizator? Czy to ćwiczenie CG? Albo, jakie funkcje są (lub) uważasz za/brakuje w obecnie dostępnych programach (PyMOL, Chimera, Jmol, ...)? Czy możesz poprosić w odpowiednich listach adresowych o brakujące funkcje? – HongboZhu