Błąd rpy2 po zainstalowaniu pakietu r

Question

Próbuję użyć pakietu r o nazwie "ogromny". Mam problem w rpy2 że próbuję zainstalować ten pakiet, który uruchamia kod grzywny za pomocą następującego kodu:

import rpy2.robjects.packages as rpackages 

# import R's utility package 
utils = rpackages.importr('utils') 

# select a mirror for R packages 
utils.chooseCRANmirror(ind=1) # select the first mirror in the list 

packnames = ('huge') 

# R vector of strings 
from rpy2.robjects.vectors import StrVector 

# Selectively install what needs to be install. 
# We are fancy, just because we can. 
names_to_install = ['huge'] 
if len(names_to_install) > 0: 
    utils.install_packages(StrVector(names_to_install)) 

Z tylko ostrzeżenia, mówiąc mi, że:

/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: also installing the dependency ‘igraph’ 


    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/igraph_1.1.2.tar.gz' 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: Content type 'application/x-gzip' 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: length 3376958 bytes (3.2 MB) 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: = 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: downloaded 3.2 MB 


    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/huge_1.2.7.tar.gz' 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: length 2946819 bytes (2.8 MB) 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: downloaded 2.8 MB 


    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpOb6GhL/downloaded_packages’ 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: Updating HTML index of packages in '.Library' 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: Making 'packages.html' ... 
    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 
/home/johnzhou/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: done 

    warnings.warn(x, RRuntimeWarning) 

jednak , gdy próbuję załadować pakiet używając:

rpy2.robjects.packages.importr("huge") 

otrzymuję komunikat o błędzie, w którym mówi, że:

RRuntimeError        Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-104-843fb8da3355> in <module>() 
----> 1 rpy2.robjects.packages.importr("huge") 

~/anaconda3/envs/python35/lib/python3.5/site-packages/rpy2/robjects/packages.py in importr(name, lib_loc, robject_translations, signature_translation, suppress_messages, on_conflict, symbol_r2python, symbol_check_after, data) 
    451  if _package_has_namespace(rname, 
    452        _system_file(package = rname)): 
--> 453   env = _get_namespace(rname) 
    454   version = _get_namespace_version(rname)[0] 
    455   exported_names = set(_get_namespace_exports(rname)) 

RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘huge’ 

Czy ktoś może mi w tym pomóc?

Dzięki

Answer 1

Czy chciał sprawdzić bibliotekę, w której jest zainstalowany pakiet?

miałem ten sam problem kilka dni temu, a ja za kroki 1. wyboru ścieżki biblioteki przy użyciu .libPaths() w R 2. Spróbuj zainstalować pakiety w konsoli R korzystając install.packages („Nazwa pakietu”) 3. Sprawdź, czy pakiet jest zainstalowany na ścieżkach, które otrzymałeś w wyniku kroku 1 wspomnianego powyżej. 4. jeśli jest zainstalowany w innej bibliotece, po prostu wykonaj prostą kopię pakietów z tego katalogu do bibliotek .libPaths().

R próbuje szukać bibliotek w domyślnej lokalizacji i po prostu trzeba umieścić pakiety w ścieżce domyślnej biblioteki (znaleźć go za pomocą .libPaths())

nadzieję, że pomoże