jak uzyskać rJava 0.9-3 do pracy z OS X 10.7.4 z Oracle Java 1.7?

Question

Czy jest ktoś, komu udało się uzyskać rJava 0.9-3 do pracy z OS X 10.7.4 z Oracle Java 1.7?

R version 2.15.2 (2012-10-26) -- "Trick or Treat" Platform 
x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit) 

java version "1.7.0_09" 
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_09-b05) 
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.5-b02, mixed mode) 

Zainstalowałem rJava przy użyciu zarówno funkcji install.packages, jak i instalacji wiersza poleceń przy pomocy wersji 2.15.2. Nie dostaję żadnych błędów.

$ R CMD INSTALL rJava 
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library’ 
* installing *binary* package ‘rJava’ ... 

* DONE (rJava) 
$ 

Jeśli używam Preferencje Java 1.7 postawić pierwszy na liście, ale pozostawić 1.6 "on", rJava zawsze rozpoczyna 1.6.

Jeśli używam Preferencje Java 1.7 postawić pierwsze i wyłącz 1,6, rJava robi to:

> library(rJava) 
> .jinit() 
JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead. 
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib 
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library. 
Error in .jinit() : JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1 
> 

Jednakże, używając funkcji systemowej, R sama znajdzie Java 1.7.

> system("java -version") 
java version "1.7.0_09" 
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_09-b05) 
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.5-b02, mixed mode) 
> 

Czy 1.7 potrzebuje specjalnego wpisu w /System/Library/Java/JavaConfig.plist?

Czy katalog wersji wymaga zmiany na 1.7? To dziwne, że bieżący idzie do A, która kończy się z 1,7 podczas CurrentJDK jest mapowany do 1,6

$cd /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/ 
$ls -la 
total 64 
drwxr-xr-x 11 root wheel 374 Sep 26 10:10 . 
drwxr-xr-x 11 root wheel 374 Nov 26 09:24 .. 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 10 Sep 26 10:09 1.4 -> CurrentJDK 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 10 Sep 26 10:09 1.4.2 -> CurrentJDK 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 10 Sep 26 10:09 1.5 -> CurrentJDK 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 10 Sep 26 10:09 1.5.0 -> CurrentJDK 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 10 Sep 26 10:09 1.6 -> CurrentJDK 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 10 Sep 26 10:09 1.6.0 -> CurrentJDK 
drwxr-xr-x 8 root wheel 272 Nov 26 09:24 A 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 1 Sep 26 10:09 Current -> A 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 59 Sep 26 10:09 CurrentJDK -> /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents 

Nawet R CMD javareconf uruchomić ze ścieżką wskazując na 1,7 plików bezpośrednio lub/usr/bin/ścieżki Java, rJava nadal nie może znaleźć ani uruchomić Java 1.7.

Czy 1.7 potrzebuje zestawu zmiennych JAVA_LD_LIBRARY_PATH?

Makeconf:JAVA = /usr/bin/java 
Makeconf:JAVAC = /usr/bin/javac 
Makeconf:JAVAH = /usr/bin/javah 
Makeconf:JAVA_HOME = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre 
Makeconf:JAVA_LD_LIBRARY_PATH = 
Makeconf:JAVA_LIBS = -framework JavaVM 
Makeconf:JAVA_CPPFLAGS = -I$(JAVA_HOME)/include 

Makeconf:JAR = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/bin/jar 
Makeconf:JAVA = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre/bin/java 
Makeconf:JAVAC = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/bin/javac 
Makeconf:JAVAH = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/bin/javah 
Makeconf:JAVA_HOME = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre 
Makeconf:JAVA_LD_LIBRARY_PATH = 
Makeconf:JAVA_LIBS = -framework JavaVM 
Makeconf:JAVA_CPPFLAGS = -I$(JAVA_HOME)/include 

Dzięki za wszelką pomoc

Update 1:

poprosiłem to na liście statystyki-rosuda-devel i otrzymał następującą odpowiedź od Simona Urbanek. Nie uważam, że Windows i Linux mają takie same problemy z kompilacją ze źródła dla Javy 1.7, ponieważ uruchamiamy to w systemach Windows i Linux i nie musieliśmy kompilować rJavy. Będę zgłosić się raz mam okazję spróbować tego:

--- rozpocząć cytatu ---

Używasz binarny który jest skompilowany z systemem Java (który jest w systemie 1.6) - więc jeśli usuniesz Javę 1.6, przerwiesz ją. Jeśli chcesz korzystać z Javy 1.7, musisz ponownie skonfigurować R dla Javy 1.7 i ponownie skompilować rJava, aby użyć tych ustawień. Zauważ, że Java Oracle żyje w zupełnie innym miejscu (/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk) niż systemowa Java (/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework), więc nie jest wymienna.

Co więcej, Oracle Java 1.7 nie jest frameworkiem, jest wielkim bałaganem, który nie był tak naprawdę zaprojektowany dla OS X, więc musisz ustawić go ręcznie na takie ustawienia jak na Linuksie - to dość bolesne. Wymaga to także przesłonięć ... więc jeśli naprawdę chcesz zejść z króliczej dziury, to zadziałało dla mnie:

JAVA_LD_LIBRARY_PATH =/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Spis treści/Strona główna/jre/lib/server JAVA_LIBS = '- L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm' JAVA_CPPFLAGS = '- I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1. 7.0_09.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Spis treści/Strona główna/include/darwin 'R64 CMD javareconf

Następnie zainstaluj rJava ze źródeł (R64 -> install.packages ("rJava", type = 'source')). Należy pamiętać, że to tylko 64-bitowe, więc będzie pracować tylko z 64-bitowym R.

---- Koniec cytatu ---

Answer 1

Działa to dla mnie:

Sytuacja jest taka, że ​​mój Katalogi Java nie zostały poprawnie skonfigurowane.

1) Pierwsze uruchomienie: sudo R CMD javareconf. Powinien on następujące:

Java interpreter : /usr/bin/java 
Java version  : 1.7.0_40 
Java home path : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre 
Java compiler : /usr/bin/javac 
Java headers gen.: /usr/bin/javah 
Java archive tool: /usr/bin/jar 
Non-system Java on OS X 

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin 
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm 
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin -I/usr/local/include -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c conftest.c -o conftest.o 
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation 


JAVA_HOME  : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre 
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server 
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin 
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm 
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources 
Done. 

2) w R, run: install.packages("rJava",type='source'). Instalacja powinna wrócić DO ZROBIENIA (rJava). Należy zauważyć, że musiałem ustawić

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home 

kiedy muszę zacząć R jako root: sudo R. Aby uruchomić jako zwykły użytkownik, należy

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre 

Zdarzyło mi się, że nie określono dowiązania symboliczne powyższego/usr/bin/java * do odpowiadającego w Javie 1.7 (skierowanego do wersji 1.6) i otrzymały całą frustrację. Odsyłacze powinny wyglądać następująco: (wygląda na to, że tylko java, javac, javah i jar są wymagane w R).

$ ls -l /usr/bin/ja* 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 71 Oct 3 11:44 /usr/bin/jar -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/jar 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 77 Oct 3 12:14 /usr/bin/jarsigner -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/jarsigner 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 72 Oct 3 11:44 /usr/bin/java -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/java 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 73 Oct 3 11:42 /usr/bin/javac -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javac 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 75 Oct 3 12:15 /usr/bin/javadoc -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javadoc 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 73 Oct 3 11:44 /usr/bin/javah -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javah 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 73 Oct 3 12:15 /usr/bin/javap -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javap 
lrwxr-xr-x 1 root wheel 74 Oct 3 12:15 /usr/bin/javaws -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javaws 

Answer 2

Wreszcie coś zadziałało!

Simon Urbanek: czy możesz umieścić te instrukcje na stronie internetowej rJava/instrukcji instalacji cran ...? Po raz pierwszy znalazłem się w tej króliczej dziurze i jestem pewien, że nie jestem jedyny.

JAVA_LD_LIBRARY_PATH=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server JAVA_LIBS='-L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm' JAVA_CPPFLAGS='-I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin' R CMD javareconf 
Java interpreter : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/bin/java 
Java version  : 1.8.0_77 
Java home path : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home 
Java compiler : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/bin/javac 
Java headers gen.: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/bin/javah 
Java archive tool: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/bin/jar 
System Java on OS X 

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags : -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin 
detected JNI linker flags : -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm 
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c conftest.c -o conftest.o 
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation 


JAVA_HOME  : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home 
Java library path: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server 
JNI cpp flags : -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin 
JNI linker flags : -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm 
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources 
override rw-r--r-- root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf? (y/n [n]) y 
override rw-r--r-- root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/ldpaths? (y/n [n]) y 
Done. 

R CMD INSTALL rJava_0.9-9.tar.gz