Jak utworzyć mozaikę rastrową za pomocą listy rastrów?

Question

Potrzebuję stworzyć kilka mozaik rastrowych. Korzystam z pakietu raster w wersji 2.0-31 na komputerze z 64-bitowym systemem Windows. Uważam, że wykonałem zadanie domowe sprawdzając wszystkie możliwe blogi i zadając to pytanie niektórym kolegom, ale wciąż nie mogę znaleźć rozwiązania.

Problem polega na tym, że nie mogę utworzyć mozaiki, jeśli moje siatki są wymienione w obiekcie rastrowym. Znalazłem this example, że chociaż mógłbym zastosować, ale nie, dostaję dziwny komunikat o błędzie. Poniższy przykład przedstawia mój problem:

r <- raster() 
r1 <- crop(r, extent(-10, 10, -10, 10)) 
r2 <- crop(r, extent(0, 20, 0, 20)) 
r3 <- crop(r, extent(10, 30, 10, 30)) 

r1[] <- 1:ncell(r1) 
r2[] <- 1:ncell(r2) 
r3[] <- 1:ncell(r3) 
rasters1 <- list(r1, r2, r3) 

mos <- mosaic(rasters1,fun=mean) 

Jest to błąd otrzymuję:

Error in function (classes, fdef, mtable) : 
    unable to find an inherited method for function ‘mosaic’ for signature ‘"list", "missing"’ 

Próbowałem też funkcję sugerowanego w here, ale nie działa.

fmerge <- function(rasters1, fun, ...){ 
    ex <- raster(union(rasters1)) 
    res(ex) <- res(rasters1[[1]]) 
    for(i in 1:length(rasters1)) 
    rasters[[i]] <- merge(rasters1[[i]], ex) 
    rasters <- stack(rasters1) 
    fun(rasters1, ...) 
} 

rfm <- fmerge(rasters1, mean, na.rm=T) 

To jest komunikat o błędzie:

Error in raster(union(rasters1)) : 
    error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'raster': Error in as.vector(y) : argument "y" is missing, with no default 

Answer 1

To wydaje się być regresja w nowszych wersjach rastra. Twój przykładowy kod działa zgodnie z oczekiwaniami w rastrze 1.9-70 (i R 2.13.1), ale daje taki sam błąd, jaki otrzymasz w rastrze 2.0-41 (AD R 2.15.3). Możesz wysłać e-mail do opiekuna, Roberta J. Hijmansa, aby to wskazał.

W międzyczasie problem ten można rozwiązać. Patrząc na różnicę w kodzie między mosaic in raster 1.9-70 i mosaic in raster 2.0-41, widać, że metoda, która przyjęła listę została usunięta. Zamiast tego istnieje teraz tylko metoda akceptująca poszczególne rastry. Więc jeśli masz dużo rastrów, to mają na celu wywołać funkcję tak:

mos1 <- mosaic(r1, r2, r3, fun=mean) 

To nie jest bardzo wygodne, jeśli jednak budują swoją listę rastrów do mozaiki dynamicznie. R ma funkcję pomocnika, która pomoże ci w tej sytuacji, do.call. To, co robi do.call, przyjmuje funkcję i listę, i wywołuje tę funkcję, używając argumentów jako argumentów na liście. Więc można to wykorzystać, tak długo, jak dodać fun=mean do listy argumentów:

rasters1.mosaicargs <- rasters1 
rasters1.mosaicargs$fun <- mean 
mos2 <- do.call(mosaic, rasters1.mosaicargs) 

można dokładnie sprawdzić, że te dwie metody dają takie same wyniki:

stopifnot(identical(mos1, mos2)) 

To może być owinięty w prosta wygodna funkcja, która jest powiązana z odpowiednim podpisem wywołania, dzięki czemu Twój oryginalny kod będzie działać niezmieniony:

setMethod('mosaic', signature(x='list', y='missing'), 
function(x, y, fun, tolerance=0.05, filename=""){ 
    stopifnot(missing(y)) 
    args <- x 
    if (!missing(fun)) args$fun <- fun 
    if (!missing(tolerance)) args$tolerance<- tolerance 
    if (!missing(filename)) args$filename<- filename 
    do.call(mosaic, args) 
})