Jak mogę obsłużyć "osieroconą dziurę" w pliku kształtu wielokąta w R lub ArcGIS?

Question

Próbuję utworzyć przestrzenną nakładkę między dwoma wielokątami ("grd" i "zakres") za pomocą funkcji over (rgeos).

Ten kod działa dla wszystkich plików ale jeden:

range.grd.overlay <- grd[!is.na(over(grd, range)), ]@data$grdID # get gridcells that overlap with range 

i ten komunikat o błędzie:

Error in createPolygonsComment(p) : 
    rgeos_PolyCreateComment: orphaned hole, cannot find containing polygon for hole at index 9 

Rozumiem, że tam jest dziura bez otaczającej wielokąta gdzieś w shapefile, ale Nie mogę wymyślić, jak to obejść. Czy mogę po prostu usunąć otwór w indeksie 9? W jaki sposób ? Jeśli masz rozwiązanie, aby naprawić plik kształtu w ArcGIS, również byłoby to dla mnie dobre.

Bardzo dziękuję z góry za pomoc !!

Pozdrawiam, Carsten

Answer 1

Zarówno grd i range są klasy SpatialPolygonsDataFrame.

range ma strukturę takiego:

> str(range) 
Formal class 'SpatialPolygonsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots 
    ..@ data  :'data.frame': 3 obs. of 17 variables: 
    .. ..$ OBJECTID : int [1:3] 725 726 727 
    .. ..$ SPCRECID : int [1:3] 3313 3313 3313 
    .. ..$ DATE_  : Factor w/ 1 level "19/10/2009": 1 1 1 
    .. ..$ SCINAME : Factor w/ 1 level "Synthliboramphus antiquus": 1 1 1 
    .. ..$ SOURCE : Factor w/ 1 level "Gaston & Jones, 1998; Brazil, 2009": 1 1 1 
    .. ..$ PRESENCE : int [1:3] 1 1 1 
    .. ..$ ORIGIN : int [1:3] 1 1 1 
    .. ..$ SEASONAL : int [1:3] 2 1 3 
    .. ..$ DATA_SENS : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ SENS_COMM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ COMPILER : Factor w/ 1 level "Philip Taylor (BirdLife International)": 1 1 1 
    .. ..$ TAX_COM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ DIST_COM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ REVIEWERS : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ CITATION : Factor w/ 1 level "BirdLife International and Natureserve (2011) Bird species distribution maps of the world.": 1 1 1 
    .. ..$ SHAPE_Leng: num [1:3] 190 209 1240 
    .. ..$ SHAPE_Area: num [1:3] 39 16.6 600.8 
    .. ..- attr(*, "data_types")= chr [1:17] "N" "N" "C" "C" ... 
    ..@ polygons :List of 3 
    .. ..$ :Formal class 'Polygons' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. ..@ Polygons :List of 138 
    .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. .. .. .. ..@ labpt : num [1:2] 178.6 51.8 
    .. .. .. .. .. .. ..@ area : num 4.58 
    .. .. .. .. .. .. ..@ hole : logi FALSE 
    .. .. .. .. .. .. ..@ ringDir: int 1 
    .. .. .. .. .. .. ..@ coords : num [1:49, 1:2] 180 180 179 179 179 ... 
    .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. .. .. .. ..@ labpt : num [1:2] -172.2 52.6 

... i tak dalej.

grd ma strukturę takiego:

> str(grd) 
Formal class 'SpatialPolygonsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots 
    ..@ data  :'data.frame': 40680 obs. of 12 variables: 
    .. ..$ ID  : int [1:40680] 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 ... 
    .. ..$ X_COORD : num [1:40680] -180 -178 -178 -176 -176 ... 
    .. ..$ Y_COORD : num [1:40680] 79.1 79.1 79.1 79.1 79.1 ... 
    .. ..$ ID_1  : Factor w/ 13713 levels "10","10000","10001",..: NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... 
    .. ..$ grdID  : int [1:40680] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 
    .. ..$ ROW  : int [1:40680] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... 
    .. ..$ COL  : int [1:40680] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 
    .. ..$ AREA  : num [1:40680] 12364 12364 12364 12364 12364 ... 
    .. ..$ PERIMETER : num [1:40680] 445 445 445 445 445 ... 
    .. ..$ MAJORITY : int [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
    .. ..$ PROP0_0062: num [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
    .. ..$ AREA_KM2 : num [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
    .. ..- attr(*, "data_types")= chr [1:12] "N" "N" "N" "C" ... 
    ..@ polygons :List of 40680 
    .. ..$ :Formal class 'Polygons' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. ..@ Polygons :List of 1 
    .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. .. .. .. ..@ labpt : num [1:2] -179.5 79.1 
    .. .. .. .. .. .. ..@ area : num 5.3 
    .. .. .. .. .. .. ..@ hole : logi FALSE 
    .. .. .. .. .. .. ..@ ringDir: int 1 
    .. .. .. .. .. .. ..@ coords : num [1:13, 1:2] -179 -180 -180 -180 -180 ... 
    .. .. .. ..@ plotOrder: int 1 
    .. .. .. ..@ labpt : num [1:2] -179.5 79.1 

... i tak dalej.

znalazłem tę pomoc od Roger Bivand i to pracował dla dwóch z trzech problematycznych plików:

>slot(shape.input, "polygons") <- lapply(slot(shape.input, "polygons"), checkPolygonsHoles) 
>range.grd.overlay <- grd[!is.na(over(grd, range)), ]@data$grdID # get gridcells of that overlay with range polygon 

ale dla trzeciego pliku ustalanie nie działa. R będzie zamrażać, aż w końcu naciśnięty klawisz Esc, po którym chciałbym dostać ten sam komunikat o błędzie, gdy próbuje zrobić nakładkę przestrzennych:

Error in createPolygonsComment(p) : 
    rgeos_PolyCreateComment: orphaned hole, cannot find containing polygon for hole at index 13