phylogeny

5Ciepło

1Odpowiedz

W python, jak mogę zmienić rozmiar czcionki węzłów liści podczas generowania drzew filogenetycznych za pomocą Bio.Phylo.draw()?

Używam pakietu Phylo z Biopython do tworzenia drzew filogenetycznych. W przypadku dużych drzew muszę zmniejszyć rozmiar czcionki węzłów liści. Zasugerowano, aby zmienić matplotlib.pyplot.rcParams ['fo

5Ciepło

1Odpowiedz

Dendrogramuj kolory krawędzi (rozgałęzień), aby pasowały do kolorów końcówek (liści) (pakiet małp)

Próbuję dodać kolor do krawędzi (linii) na wykresie typu filogenetycznego w R za pomocą polecenia plot.phylo od małpy pakiet. Ten przykład dotyczy wykresu typu "fan", choć spodziewam się, że podejście

6Ciepło

3Odpowiedz

Cladogram, drzewo życia, kladystyka, taksonomia w JS lub płótnie?

Dobrzy ludzie - Potrzebuję pomocy, aby znaleźć sposób na stworzenie interaktywnego kladogramu lub drzewa filogenetycznego (tak, przeczytałem wszystkie powiązane posty i nie znajduję tego, czego szukam

6Ciepło

1Odpowiedz

Jak uzyskać prawidłową kolejność etykiet końcówek w APE po wywołaniu funkcji drabiny

Próbuję zamówić wiersze ramki danych na podstawie etykiet końcówek znalezionych w drzewie filogenetycznym. Sposób, w jaki zamierzałem to zrobić, to użycie funkcji match podobnej do odpowiedzi od this

5Ciepło

4Odpowiedz

Jak zwijać gałęzie w drzewie filogenetycznym przez etykietę w swoich węzłach lub liściach?

Zbudowałem drzewo filogenetyczne dla rodziny białek, które można podzielić na różne grupy, klasyfikując każdy według typu receptora lub typu odpowiedzi. Węzły w drzewie są oznaczone jako typ receptora