dendrogram

5Ciepło

1Odpowiedz

Jak mogę zapisać dendrogram wygenerowany przez scipy w Newick format?

5Ciepło

2Odpowiedz

Jak pokolorować gałęzie i etykiety zaznaczenia w mapie termicznej.2?

Wykonałem Mapę Temperatur za pomocą funkcji heatmap.2 z gplots w R, ale nie mam pojęcia, jak kolorować gałęzie i etykiety kleszczowe na grupy (np. Jeśli wycinam drzewo, aby mieć cztery gruby, jak w mo

8Ciepło

3Odpowiedz

Drzewo cięte i prostokąty wokół skupisk dla poziomego dendrogramu w R

Próbuję narysować wyniki hierarchicznego grupowania w R jako dendrogram, z prostokątami identyfikującymi klastry. Poniższy kod wykonuje triadę dla pionowego dendrogramu, ale dla poziomego dendrogramu

6Ciepło

2Odpowiedz

Jak zbudować dendrogram z drzewa katalogów?

Podana ścieżka katalogu bezwzględnego katalogu głównego. Jak wygenerować obiekt dendrogramu wszystkich ścieżek poniżej, aby móc wizualizować drzewo katalogów z R? Załóżmy, że następujące połączenie zw

15Ciepło

1Odpowiedz

d3.js - jak automatycznie obliczyć długość łuku w promieniowej dendrogramie

Tworzę zmodyfikowaną wersję hierarchicznej krawędzi Bundling schemacie Mike Bostock za: http://mbostock.github.com/d3/talk/20111116/bundle.html ale chcę zrobić łuki, które obejmują pewne grupy danych,

5Ciepło

1Odpowiedz

Dendrogramuj kolory krawędzi (rozgałęzień), aby pasowały do kolorów końcówek (liści) (pakiet małp)

Próbuję dodać kolor do krawędzi (linii) na wykresie typu filogenetycznego w R za pomocą polecenia plot.phylo od małpy pakiet. Ten przykład dotyczy wykresu typu "fan", choć spodziewam się, że podejście

5Ciepło

1Odpowiedz

większa czcionka i odstępy między liśćmi w R dendrogramie

Mam dendrogram w R, którego po prostu nie mogę poprawić. pokażę ci czym jest problem, proszę sprawdzić: http://img.photobucket.com/albums/v699/rica01/Rplot-1.png Jak mogę zrobić etykiety na liściach,

12Ciepło

2Odpowiedz

Wyodrębnianie klastrów z selorn clustermap

Używam seaborn clustermap do tworzenia klastrów i wizualnie działa świetnie (to example daje bardzo podobne wyniki). Jednak mam problem z ustaleniem, jak programowo wyodrębnić klastry. Na przykład, w

23Ciepło

2Odpowiedz

Dołączenie dendrogram i mapę cieplną

mam (ekspresji genów z zestawu próbek) heatmap: set.seed(10) mat <- matrix(rnorm(24*10,mean=1,sd=2),nrow=24,ncol=10,dimnames=list(paste("g",1:24,sep=""),paste("sample",1:10,sep=""))) dend <- as.dend

6Ciepło

1Odpowiedz

Wyświetlanie Traminer (R) dendrogramów w formacie text/tabeli

używam następujący kod R wygenerować dendrogram (patrz załączone zdjęcie) z etykietami na podstawie sekwencji Traminer: library(TraMineR) library(cluster) clusterward <- agnes(twitter.om, diss = TRU