Perl Inline :: C: Są Inline_Stack_Vars itp. Potrzebne, aby uniknąć wycieków pamięci (dopasowanie sekwencji elementów)

Question

Moje pytanie dotyczy działającego kodu C w linii: czy konieczne jest korzystanie z funkcji stosu inline (Inline_Stack_Vars) do przekazywania zmiennych do i na zewnątrz, czy może w tym kontekście wystarczy zmodyfikować zmienną w miejscu?

Do wyświetlania danych o sekwencji biologicznej, muszę pokazać tylko różnice między dwoma wyrównanymi ciągami; na przykład Biorąc pod uwagę te dwa ciągi:..

ATCAGAAA--GACATGGGCCAAAGATTAA-CAGTGGCCATTGACAGGA-- 
    --CCCCAACTGACAGGGGGCAAAGATTAA-CAGTGGCCATTG---GGA-- 

chcę dostać to (Dopasowanie znaków w drugim ciągiem zastąpione”'S

--.CCC..CT....G...G..........-............---...-- 

Mam wiele sekwencji (miliony Illumina czyta), więc zwrócili się do inline :: c do dopasowywania znaków Poniższy kod wplatany wydaje się działać dobrze (zmiana drugi argument do funkcji add_matchchars w miejscu).

#!/usr/bin/perl 
use Inline C; 

my($seq1,$seq2) = qw/ ATCAGAAA--GACATGGGCCAAAGATTAA-CAGTGGCCATTGACAGGA-- 
         --CCCCAACTGACAGGGGGCAAAGATTAA-CAGTGGCCATTG---GGA-- /; 

print $seq1,"\n"; 
print $seq2,"\n"; 
add_matchchars($seq1,$seq2); 
print $seq2,"\n"; 

__END__ 

__C__ 

void add_matchchars(char *seq1, char *seq2) { 
    int seq1char; 
    int seq2char; 
    while(seq1char = *seq1++ , seq2char = *seq2++) { 
     if (seq1char == seq2char) { 
      *seq2--; 
      if (seq1char != '-') { 
       *seq2 = '.'; 
      } 
      *seq2++; 
     } 
     //printf("%c-%c\n",seq1char,seq2char); 
    } 
// printf("%s\n%s\n",seq1,seq2); 
} 

Ale 1) to ja t racjonalnie wydajne (czy istnieje mądrzejszy/lepszy sposób)? i 2) czy spowoduje wyciek pamięci?

Answer 1

Nie powinieneś polegać na char * skalaru, który można modyfikować, a nawet być oryginalnym buforem skalarnym. Zamiast tego zwróć nowy ciąg.

Makro Inline_Stack_Vars jest przydatne tylko w przypadku zmiennej liczby argumentów lub wielu wartości zwracanych. Tak też nie jest w tym przypadku.

Twój kod nie cierpi obecnie na przecieki pamięci (nie przypisujesz pamięci wewnątrz funkcji C), ale występują pewne problemy, w tym: . styl, ewentualne naruszenia ochrony pamięci (prawidłowe while(seq1char = *seq1++ , seq2char = *seq2++) do while((seq1char = *seq1++) && (seq2char = *seq2++)) oraz fakt, że ciągi Perl może zawierać nuls wewnątrz łańcucha

myślę, że jest generalnie lepszy pomysł, aby mieć swoją funkcję C wziąć bezpośrednio skalary grubsza.

SV *add_matchchars(SV *seq1_sv, SV *seq2_sv) { 
    STRLEN len1, len2; 
    char *seq1 = SvPVbyte(seq1_sv, len1); 
    char *seq2 = SvPVbyte(seq2_sv, len2); 
    STRLEN min_len = len1 < len2 ? len1 : len2; 
    SV *seq3_sv = newSVpvn(seq2, min_len); 
    char *seq3; 
    STRLEN i; 

    seq3 = SvPVX(seq3_sv); 
    for (i = 0; i < min_len; ++i) { 
     if (seq1[i] == seq2[i]) 
      seq3[i] = '.'; 
    } 

    return seq3_sv; 
}