Otrzymałem plik vtk w formacie legacy (uważam, że jest to sieć niestrukturalna) i chciałbym go przeczytać w pythonie i wypisać zamiast niego plik .npy, ponieważ wiem jak sobie z tym poradzić.Czytanie pliku .vtk z pytonem
Plik jest zrzutem z ATHENY, podobnie jak gęstość, prędkość, pole magnetyczne wraz ze współrzędnymi.
Jestem bardzo programista proceduralny, więc wszystkie te obiekty są mylące ...
Czy próbowałeś za pomocą ParaView? (http://www.paraview.org/) To daje wizualne wyobrażenie o tym, co dzieje się za kulisami i może wysyłać plik na wiele różnych sposobów. Sugerowałbym to, ponieważ nie mam pojęcia, jakie są twoje dane. http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Python może również mieć przykład, który może pasować do rachunku za Ciebie. Osobiście będę grał z paraview i od tego miejsca.
Używałem wcześniej paraweli, a raczej dodałem do niej opcję ODWIEDŹ. Muszę jednak przeanalizować zawartość pliku i zrobić takie rzeczy jak fft itp., Więc samo wizualizowanie nie wystarczy. –
Oto skrypt, który odczytuje dane wielokąta na tablicach numpy z pliku VTK używając VTK Pythona SDK:
import sys
import numpy
import vtk
reader = vtk.vtkPolyDataReader()
reader.SetFileName(sys.argv[1])
reader.Update()
polydata = reader.GetOutput()
for i in range(polydata.GetNumberOfCells()):
pts = polydata.GetCell(i).GetPoints()
np_pts = numpy.array([pts.GetPoint(i) for i in range(pts.GetNumberOfPoints())])
print np_pts
Byłem w stanie dostać się do etapu GetOutput() przy użyciu vtkDataSetReader() zamiast vtkPolyDataReader, ale nadal jestem zdezorientowany, jak uzyskać informacje. GetNumberOfPoints i GetNumberOfCells wydają mi się sensowne liczby na temat tego, jak duże są te tablice, ale nadal nie wiem, jak wyciągnąć wszystkie zmienne. Czy istnieje sposób na uzyskanie informacji o tym, co dokładnie ma w nim vtk iw jakiej formie? W zrozumiały sposób? –
Jeśli wybierzesz jeden z plików tutaj http://people.sc.fsu.edu/~jburkardt/data/vtk/vtk.html, mogę spróbować pomóc wyodrębnić format. Jest tak wiele różnych formatów. – jterrace
reader.IsFileStructuredPoints() zwraca 1, pozostałe opcje zwracają 0, więc wychodzę z kończyny i wypowiadam jej starszy vtk z Structured Points. –
Oto rozwiązanie, które wymyśliłem, sztuką było włączenie ReadAllVectorsOn().
import numpy
from vtk import vtkStructuredPointsReader
from vtk.util import numpy_support as VN
reader = vtkStructuredPointsReader()
reader.SetFileName(filename)
reader.ReadAllVectorsOn()
reader.ReadAllScalarsOn()
reader.Update()
data = reader.GetOutput()
dim = data.GetDimensions()
vec = list(dim)
vec = [i-1 for i in dim]
vec.append(3)
u = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('velocity'))
b = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('cell_centered_B'))
u = u.reshape(vec,order='F')
b = b.reshape(vec,order='F')
x = zeros(data.GetNumberOfPoints())
y = zeros(data.GetNumberOfPoints())
z = zeros(data.GetNumberOfPoints())
for i in range(data.GetNumberOfPoints()):
x[i],y[i],z[i] = data.GetPoint(i)
x = x.reshape(dim,order='F')
y = y.reshape(dim,order='F')
z = z.reshape(dim,order='F')
Należy wspomnieć, że w swoim najnowszym wydaniu, projekt yt http://yt-project.org/ zawiera wsparcie dla ATHENA, co oznacza, że przez cały ten oznacza to droga do analizy danych symulacyjnych przy użyciu Pythona.
meshio (projekt kopalni) zna formatu VTK, więc można po prostu
pip install meshio
a następnie
import meshio
points, cells, point_data, cell_data, field_data = meshio.read('file.vtk')
mógłbyś umieścić próbkę danych plik ten jest? –
Jest [PyEVTK] (https://bitbucket.org/pauloh/pyevtk) do pisania, ale nie obsługuje czytania – jterrace
Oh, z linku jterrace widzę, że jest to format binarny. Bleh. –