bioinformatics

6Ciepło

5Odpowiedz

"średnia długość sekwencji w pliku fasta": Czy możesz poprawić ten kod Erlanga?

Próbuję uzyskać średnią długość fasta sequences przy użyciu Erlang. Plik FASTA wygląda to >title1 ATGACTAGCTAGCAGCGATCGACCGTCGTACGC ATCGATCGCATCGATGCTACGATCGATCATATA ATGACTAGCTAGCAGCGATCGACCGTCGTAC

string erlang sequence bioinformatics mean 2010-07-21

---

5Ciepło

1Odpowiedz

Wyodrębnianie informacji z zwykłego tekstu i pisanie do XML przy użyciu DOM

Obecnie projektuję niektóre narzędzia do konwersji formatu w dziedzinie glikobiologii. Konwersja formatu polega na przechodzeniu z pliku tekstowego do pliku XML, który jest standardem w tej dziedzinie

python xml dom bioinformatics 2011-07-07

---

6Ciepło

1Odpowiedz

Ukryty model Markowa dla kości trójstronnej

Nauczono mnie HMM i otrzymałem ten problem z pracą domową. Zrozumiałem część tego, ale nie jestem pewien, czy jest to poprawne. Problem polega na tym: Rozważmy inną grę, w której sprzedawca nie jest m

algorithm probability bioinformatics hidden-markov-models 2011-12-07

---

5Ciepło

7Odpowiedz

Zasoby bioinformatyczne

Kiedy chodzi o programowanie, mamy pewne blogi do naśladowania, ale kiedy myślisz o wypróbowaniu innej dziedziny, jak możesz znaleźć wielkie nazwiska? Chcę wypróbować pole bioinfrmatyczne i dodać do m

blogs bioinformatics 2010-01-12

---

15Ciepło

7Odpowiedz

Jaki jest najlepszy sposób na dzielenie dużych plików w Pythonie na potrzeby wieloprocesowości?

Prowadzę wiele "zawstydzająco równoległych" projektów, które chciałabym zrównoważyć z modułem multiprocessing. Jednak często wymagają one czytania dużych plików (większych niż 2 GB), przetwarzania ich

python concurrency multiprocessing bioinformatics 2009-12-01

---

5Ciepło

3Odpowiedz

Wizualizacja struktury białka

Zostałem poproszony o pracę nad wizualizacją struktury białka, coś w stylu RasMol, gdzie użytkownik będzie otwierać plik pdb, aby uzyskać strukturę białka. Jak mogę wygenerować strukturę białka z plik

python opengl bioinformatics vtk protein-database 2011-07-22

---

8Ciepło

4Odpowiedz

Czy istnieje regularna ekspresja dla enzymatycznego cięcia?

Czy istnieje wyrażenie regularne dla sekwencji (teoretycznej) tryptic rozkładu protein? Zasada cięcia dla trypsyny jest po R lub K, ale nie przed P. przykład: odcięcie sekwencji VGTKCCTKPESERMPCTEDYLS

regex perl bioinformatics 2009-12-04

---

7Ciepło

1Odpowiedz

Python - Iteracja na listach zagnieżdżonych

Utknąłem na małym, ale trudnym problemie od wczoraj. Co mam to (być może nieskończenie) zagnieżdżone listy tak: [1,[2,[3,4]]] or [[1,2],[3,4]] and so on. Na każdym poziomie listy składa się z dwóch

python list nested combinatorics bioinformatics 2011-07-27

---

10Ciepło

4Odpowiedz

Jaka jest najlepsza książka bioinformatyczna dla informatyka?

Jestem studentem dyplomem CS zainteresowanym badaniami bioinformatycznymi. Nie mam dobrego doświadczenia z biologią. Jaka jest najlepsza książka bioinformatyczna dla informatyka?

computer-science bioinformatics 2010-08-21

---

12Ciepło

6Odpowiedz

Znalezienie nakładki w zakresach z R

Mam dwa data.frames każdy z trzema kolumnami: chrom, start & stop, nazwijmy je zakresami A i zakresamiB. Dla każdego rzędu zakresów A szukam, który (jeśli którykolwiek) wiersz w zakresach B zawiera w

r bioinformatics 2010-10-12

---