bioinformatics

8Ciepło

1Odpowiedz

Generatory rekurencyjne w Pythonie

Napisałem funkcję zwracania generatora zawierającego każdą unikalną kombinację pod-łańcuchów o danej długości, która zawiera więcej niż n elementów z podstawowego ciągu. Jako ilustracja: jeśli mam „ab

python recursion generator bioinformatics 2012-04-22

---

8Ciepło

1Odpowiedz

Maszyna wektora relewancji

Szukam zejścia implementacji maszyn wektora relewancji. Czy ktoś może polecić bibliotekę Pythona lub implementację C++, którą mógłbym interfejsować? Dzięki hałdy w góry, EL

python machine-learning computer-vision bioinformatics 2013-06-12

---

8Ciepło

10Odpowiedz

Jak przekonwertować trzyliterowe kody aminokwasów na jeden kod literowy z pythonem lub R?

Mam plik fasta, jak pokazano poniżej. Chciałbym przekonwertować kod three letter codes na kod jednoliterowy. Jak mogę to zrobić z pythonem lub R? >2ppo ARGHISLEULEULYS >3oot METHISARGARGMET pożąd

python r bioinformatics biopython 2012-10-06

---

7Ciepło

1Odpowiedz

Perl Inline :: C: Są Inline_Stack_Vars itp. Potrzebne, aby uniknąć wycieków pamięci (dopasowanie sekwencji elementów)

Moje pytanie dotyczy działającego kodu C w linii: czy konieczne jest korzystanie z funkcji stosu inline (Inline_Stack_Vars) do przekazywania zmiennych do i na zewnątrz, czy może w tym kontekście wysta

perl bioinformatics inline-c 2014-04-07

---

7Ciepło

3Odpowiedz

Lista zapełnień z krotkami

Po prostu bawię się symulacją (Mendel's First Law of Inheritance). Zanim mogę pozwolić współmieszkom zwierząt i przeanalizować wynik, należy wygenerować populację, tj. Lista musi być wypełniona zmienn

python bioinformatics rosalind 2013-06-14

---

5Ciepło

1Odpowiedz

Jak usunąć wiersze z wartościami 0 przy użyciu R

Witam używam macierzy ekspresji genów, liczba fragów do obliczenia genów ulegających ekspresji różnicowej. Chciałbym wiedzieć, jak usunąć wiersze, które mają wartości jako 0. Wtedy mój zestaw danych b

r bioinformatics 2013-08-05

---

32Ciepło

3Odpowiedz

Usuń część ciągu po "."

Pracuję z numerami dostępu NCBI sekwencji odniesienia jak zmiennej a: a <- c("NM_020506.1","NM_020519.1","NM_001030297.2","NM_010281.2","NM_011419.3", "NM_053155.2") Aby uzyskać informacje z pakietu

r regex string bioinformatics biomart 2012-05-16

---

8Ciepło

1Odpowiedz

Prześledzenie w algorytmie Smitha-Watemana z karą w postaci luki afektywnej

Próbuję zastosować algorytm Smitha-Watermana do lokalnego wyrównania sekwencji za pomocą funkcji kary luki afinicznej. Myślę, że rozumiem, jak inicjować i obliczać macierze wymagane do obliczania wyni

python bioinformatics biopython sequence-alignment 2013-08-07

---

5Ciepło

1Odpowiedz

jak uzyskać wszystkie kodowanie DNA dla peptydu w C#

Cześć, moja głowa gotuje się teraz przez 3 dni! I chce się wszystkie kodowania DNA dla peptydu, peptyd ma sekwencję aminokwasów, to znaczy aminokwasu M i aminokwasu Q może stanowić peptyd MQ lub QM DN

c# bioinformatics 2014-11-12

---

5Ciepło

2Odpowiedz

Perl: Znajdź maksymalną wartość skrótu i ​​średnich obliczeniowych

Po wielkiej przerwie trwającej około 6 miesięcy wracam do świata Perla i Bioinformatyki, przechodząc pod innym naukowcem. Ale pierwsze zadanie nie przypomina tego, z jakimi miałem do czynienia po raz

arrays perl hash bioinformatics 2012-12-19

---